-《基因组、蛋白质组与生物信息学报》: 聚焦组学“三国” 演义一流期刊
作者:冯丽妃
发布时间:2021-01-04
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-《基因组、蛋白质组与生物信息学报》: 聚焦组学“三国” 演义一流期刊

 近年来GPB的中国风封面 冯丽妃摄

从编委到现任执行副主编,美国费城儿童医院和宾夕法尼亚大学教授邢毅与《基因组蛋白质组与生物信息学报》(Genomics, Proteomics & Bioinformatics,以下简称GPB)期刊结缘已近10年。前些年,该刊编辑部不时找他约稿子,以解“缺米之炊”。“现在我们也会找人约稿,但跟以前已经完全不一样了。”邢毅对《中国科学报》说。

从2003年创刊至今,GPB一路“过关斩将”,先后从季刊变为双月刊,加入开放获取行列,终于被科学引文索引扩展版(SCIE)收录,并连续3年位于“遗传学与遗传性”学科领域前10%。在此过程中,它吸引的国内外投稿数量逐年递增,如今录用率低于10%。

“我对这本期刊专业化的稿件处理印象深刻。该刊由领域内一群富有热情的、杰出的科研工作者运行,在组学和生物信息学研究领域的出版获得了国际认可。” 诺贝尔奖得主、担任GPB编委的托马斯·林达尔(Tomas Lindahl)曾如此评价。

在GPB创刊人兼主编、中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)(以下简称基因组所)研究员于军看来,如果没有始终如一的坚持,这个期刊就不会有今天的局面,甚至可能难以生存下来。“我们必须头脑清醒,GPB始终面对与全球不断扩张的杂志竞争创新性研究成果。我们要坚守住自己的领域,要赢过竞争者,就必须实实在在地把好质量关。”他说。

聚焦“三国”创新刊

21世纪之交,在人类基因组计划的带动下,全球风靡基因组测序。借着这股“东风”,GPB诞生了。

这并不容易。创建一本期刊,从学科发展到基础支撑再到人才的到位,“天时、地利、人和”缺一不可。

上世纪90年代启动的人类基因组计划是生物技术发展的里程碑,也为我国基因组学的发展和人才的集聚提供了前所未有的机遇。1998年,于军和杨焕明、汪建等科学家抓住这一机遇窗口,回国加盟中国科学院遗传研究所,创建了人类基因组研究中心,并承担了人类基因组计划1%的测序任务,使我国成为唯一一个参与该计划的发展中国家。

2003年,历时13年、耗资近10亿美元的人类基因组计划宣告完成,它开启了诸多前所未有的新学科分支(基因组学、蛋白质组学、生物信息学等)。同年,基于人类基因组研究中心组建的基因组所筹备成立。这为GPB的落地提供了科学和现实的土壤。

这一时期,在中国科学院知识创新工程的背景下,原中国科学院发育生物学研究所经合并成为今天中国科学院遗传与发育生物学研究所的一部分。依托原发育生物学所的《发育与生殖生物学报》经过变更,主办单位改为基因组所和中国遗传学会,报道内容转而聚焦基因组学、蛋白质组学和生物信息学三个方向。由此,GPB应运而生。

“GPB最重要的目标是促进基因组信息转化为生物学知识,这是一个让科学发现被科学家和公众理解和接受的过程。我们希望这本期刊提供一个促进这一进程的工具。”在创刊社论“‘三国’演义”中,于军等人这样写道。

正如他们所期待的那样,这个聚焦生物学三个“小王国”的期刊吸引了包括诺贝尔奖得主、院士、业内先锋人物在内的领域“大咖”投稿或担任编委,成为推进我国相关领域内国际学术交流的重要平台。从2003年应对非典型肺炎到2020年迅速对新冠肺炎做出反应,它记录和反映了中国生物技术研究的成长历程。

它还见证了近20年来“基因组时代”的大踏步前进。从单碱基到单细胞、单分子,基因测序技术呈跳跃式发展;从代谢组学、转录组学到免疫组学、RNA组学……生命科学的“组学”边界不断拓展;对个人基因组测序如何能够提高医疗服务的轮廓也变得越来越清晰,基因组学的发展进入精准医学时代。

如今,基因组学的发展仍在向新的方向“演义”。在于军看来,人类基因组计划衍生出的日益增加的各类组学正应了“合久必分,分久必合”的“天下大势”。“在此背景下,GPB大有可为。”他说。

专业人办专业刊

过去十年,GPB经历了脱胎换骨式的迅猛生长。在主办单位的大力支持下,期刊转变运行模式, 抓住两个关键:科学家办刊和职业化的编辑队伍。

“专家办刊,各做所长,这是GPB的一个特点。”该刊副主编、基因组所研究员杨运桂对《中国科学报》说,其优势之一是专家了解领域动态,能够为期刊选择适合的约稿对象。

2008年,杨运桂受邀担任GPB编委,他一边邀请国内外领域内的大家加入期刊编委会,一边积极向认识的科学家约稿。2013年,为庆祝创刊10周年,杨运桂邀请导师托马斯·林达尔在GPB发表了“通向DNA修复之路”一文。2015年,在林达尔获得诺贝尔奖之际,这篇文章得到了大量转载。

“对于一本新刊来说,真正能提升影响力的还是约稿。比如邀请专业人士对一个新领域进行综述。”邢毅说。2014年,三代测序的兴起引起关注,他邀请当时在爱荷华大学工作的区健辉撰写了综述文章“PacBio测序及其应用”。目前该文在国际引文数据库Web of Science中的引用量超600次,是基本科学指标数据库(ESI)高被引论文之一。

“我们的一个强项是不仅认识领域内的所有中国专家,也认识为数众多的国外专家,并且非常熟悉他们的学科传承和工作进展。只有深耕沃土,方得壮苗硕果。”于军说。GPB目前有12名副主编、83名编委,其中包括诺贝尔奖获得者、院士及多位ESI高引作者。正是立足于这样一个庞大的科学家队伍,近年来GPB的优秀文章不断增加。

2011年,焦玉霞的加盟让这本期刊的职业编辑队伍稳定下来。在此之前,该刊编辑部只有“一个半人”:一人全职但人员不稳定,还有“半个人”是兼职。“这种情况很难实现期刊编辑队伍的专业化。”于军说。

加入GPB后,焦玉霞成了这本期刊的职业“经纪人”,从约稿、初审到各类会议、专辑组织、宣传和协调,多方位推进提升期刊的质量和显示度。她到岗后的第一件事就是招聘编辑,逐渐形成如今3个人的稳定团队。她本人也于2013年获得中科院期刊出版领域引进优秀人才择优支持。

编辑队伍的稳定和专业化的办刊模式让期刊发展进入快车道——

2012年, 期刊采用国际出版商爱思唯尔的后期生产流程,实现单篇文章的网上预发表。

2013年,期刊试水开放获取(OA)出版。“OA使得期刊的下载量翻倍增长,其中一半以上来自非订阅用户。”焦玉霞告诉《中国科学报》。同年,刚过完10周岁生日的GPB迎来一份影响深远的生日礼物:“中国科技期刊国际影响力提升计划”的择优资助, 这让期刊的发展如虎添翼。

2017年,经国内外专家的推荐,该刊被SCIE收录。

2018年,该刊获得首个影响因子(IF,6.615)。

2019年,它受到科技部等七部门联合实施的“中国科技期刊卓越行动计划”资助(2019-2023)。

2020年,其影响因子达到7.051,连续3年位于“遗传学与遗传性”学科领域前10%。

“这两年,我们的原创文章比例明显在增加,综述类文章的比例在下降,但我们的影响因子仍然比较稳定,这说明我们原创文章的质量在改善。”杨运桂说。

“毫无疑问,过去十年编委会和编辑部成员的积极参与和支持对GPB的成长至关重要。”于军说,“这样的国际编委团队和严谨工作让我们的稿件质量达到了国际水平。”

培育“特色”促发展

近20年的摸索,也让GPB逐渐形成一系列的特色。

近几年GPB的一个重要的发展点是服务我国组学数据库的建设。基因组时代的一个特征是海量数据的生成。2005年,美国、欧洲和日本建立了国际核酸序列数据库联盟(INSDC),包括NCBI 、EBI 和DDBJ 三大数据中心,形成领域内数据存储和共享使用的标准,接收并存储来自全世界科学家提交的组学数据。

在此背景下,为了推广我国自己建立的数据库,GPB发表了一系列特色的数据库文章。如在2017年第一期的封面文章介绍了基因组所大数据中心(现国家基因组科学数据中心)开发的组学原始数据存储归档系统(GSA)。该平台的目的是立足中国,服务全球,收集、整合和归档国内外用户提交的原始序列数据;目前GSA存储的数据量已超过6.8PB。

同时,GPB内外兼修,也越来越注重封面设计。特别是从2018年起,该刊与专业设计团队合作推出了一系列中国风浓郁的封面,将科技元素融入中国古画,在给生物学知识注入艺术活力的同时,传播了中国文化。“学术期刊的封面不仅应该是一幅最好的广告,也应该是一件最佳的艺术品。”于军说,“创刊之初经费缺乏,我们的封面只能采用最简单的方式。现在有了资源和能力,就一定要实现这个梦。”

聚焦热门和前瞻领域的发展趋势出版专辑,也是GPB的一个特色。2012年至今,从微小RNA、诱导多能干细胞到精准医学和微生物组学,GPB已出版了20多个专辑。“专辑往往会邀请客座编辑主持,他们会向更多研究者介绍这本期刊,邀请大家投稿,增加期刊的影响力。”邢毅说。

此外,GPB也一直致力于组织或参与专题性的学术会议,与科学家直接对话。如近日举办的GPB前沿研讨会就聚焦单细胞组学和新冠病毒两大主题,这也正是GPB即将推出的专辑的主题。这样的形式受到参会者的积极评价。“期刊为推广发表的工作所做的努力给我留下了深刻的印象。”上述研讨会报告人及专辑作者、美国密歇根大学副教授Lana X Garmire说。

“通过这类会议,我们希望邀请具有影响力的国内外优秀学者做学术报告,追踪学科研究前沿,推动我国基因组学研究的发展。”杨运桂说。

坚守质量谋新篇

2021年即将到来,即将18岁的GPB正血气方刚。它的下一个目标会是什么?

于军和团队的近期目标是:继续提高GPB发稿质量,将小刊做强;陆续增加发稿数量,将强刊做大;利用5年左右的时间,实现卓越,打造世界一流期刊。而长期目标则是推动我国组学、生物信息学领域科学出版事业的长远发展。

实现这一目标并不容易。杨运桂坦言,目前GPB优质的原创性稿件仍然偏少,且该刊面临的是与全球期刊竞争优质的研究。

未来的三至五年将是GPB发展的“闯关期”。“做好了,会进入国际一流;做不好,可能会昙花一现。”杨运桂与同事们时刻保持着危机感。

这也让他们充满了干劲。“现在,我们要做的是提升杂志的投稿质量和学术声誉,如果这些都上去了,实现月刊、提升影响因子将是水到渠成的事情。”邢毅说。在他看来,GPB有一群充满热情的编委和编辑,大家群策群力,一定会让期刊进入正循环。

从国内整体环境看,于军表示,建设一流期刊的优劣势并存。政策环境是有利的一面。例如,今年科技部、教育部出台科研评价的新文件,要求对论文评价实行代表作制度,国内科技期刊论文原则上应不少于1/3。“这样将会让GPB拥有更多国内的优质稿源。”

不利的一面是,当前我国还缺乏促进英文科技期刊蓬勃发展的完整出版产业链。比如:上游方面缺乏涵盖国内外期刊的大型文献资源库,下游方面则缺乏专业的英文文字编辑和校对人员,亟需加强专业资源和人才队伍建设。

“做一流期刊不是一朝一夕的事,也不是一件浪漫的事,其中要有很多深刻的思考,既有‘润物细无声’式的细致性工作,也有‘西风扫残云’式的荡涤性工作,还可能遇到疾风暴雨甚至是生死存亡的艰巨挑战。过去走过的路告诉我们,无论如何必须要坚持,坚持就是胜利。只有胜利才是永恒的。”于军说。

期刊简介:

《基因组蛋白质组与生物信息学》(GPB),是由中国科学院主管、中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)与中国遗传学会共同主办、爱思唯尔和中国科技出版传媒集团有限公司联合出版的开放获取英文学术期刊,被SCIE等数据库收录。2020年度影响因子为7.051,位于期刊引用报告(JCR)“遗传学与遗传性”学科领域前10%。

 

2018年第二期封面以明代绢本设色画《丝路山水地图》为蓝本,将科学元素融入其中,RNA单链变身为蜿蜒交错的“道路”,RNA结合蛋白化为涌动的“湖泊”,各种RNA表观修饰为远近高低各不同的“城池”,上下求索的科学家则是策马奔驰的“骑士”,生动展现了RNA表观调控研究中的探索精神和未来价值。GPB编辑部供图

 

2019年第二期封面出自于中国国宝级明朝巨作《出警图》。美国耶鲁大学的樊荣团队首次描绘了抗CD19嵌合抗原受体T细胞(CAR-T),细胞激活后在转录水平及细胞因子蛋白水平的单细胞功能图谱,揭示了CAR-T超能力的秘密。手持大刀带华盖的将领表示拥有超能力的CAR-T细胞,他带领其激活的免疫细胞和免疫反应重要调控因子(士兵),共同攻击癌细胞(城堡)。CAR-T将领不仅自己能够冲锋陷阵,更有能够点石成金,赋予其他士兵战斗能的神秘力量。GPB编辑部供图



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